Freyre Lab

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas y de redes. Nuestra investigación se enfoca en estudiar la interfaz entre la estructura, función y evolución de redes biológicas complejas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo y es una de las fuentes principales de datos para nuestra investigación. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

En breve estarán disponibles posiciones. Estas posiciones están relacionadas a proyectos financiados sobre la inferencia masiva a gran escala de redes regulación para estudiar su organización y evolución. Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.5). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo extra si el candidato está interesado en aplicar a nuestro Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas, UNAM que se encuentra dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad de Conacyt.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

Freyre Lab Regulatory Systems Biology Research Group @ Center for Genomic Sciences, UNAM

Si quieres aprender sobre ciencia de una forma divertida no dejes de asistir a los eventos de Puertas Abiertas del Centro de Ciencias Genómicas UNAM donde aprenderás sobre como se divierten día a día los científicos...🥳🤩🤓🧬🔬🦠

08/feb/24: Juan Escorcia defendió su tesis de doctorado titulada "Predicción y análisis estructural de redes de regulación en bacterias a través de la integración ómica para una biología de sistemas comparativa", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Doctor en Ciencias Biomédicas (Pdcb-Ccg) con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Juan!

14/jun/23: Víctor Barrera defendió su tesis de licenciatura titulada "Curación, reconstrucción y caracterización topológica de la red reguladora génica de Methylorubrum extorquens AM1", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Sistemas Agroalimentarios (Universidad Autónoma Chapingo) con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Víctor!🥳

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas. Nuestra investigación financiada se enfoca en la reconstrucción a gran escala de redes regulatorias, el estudio de sus principios de organización, función y evolución, cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello teoría de sistemas complejos, machine learning y data mining. La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Existe la posibilidad de acceder a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

[email protected], [email protected]
Dr. Julio Augusto Freyre-González
Grupo de Biología de Sistemas Regulatorios
Centro de Ciencias Genómicas, UNAM

Feliz de ser Editor Asociado en la nueva sección Evolutionary System Biology de la revista Frontiers in Systems Biology.

Frontiers in Systems Biology on X 🚨New Section Online: Evolutionary Systems Biology🌱 Led by Prof. Ruriko Yoshida of & Prof. Daniel Pinero of , it will focus on the applications of systems biology from an evolutionary and transdisciplinary perspective. Check it out and submit now ⬇

¿Cómo mejorar la predicción de interacciones regulatorias y su evaluación, cuando empleas datos de expresión génica? Hoy se publicó nuestro trabajo mostrando que es mejor una integración selectiva de predicciones y una evaluación contra un gold standard biológico, la cual además considere la estructura de las redes. ¡Muchas felicidades a todos los autores de este trabajo!

Improving gene regulatory network inference and assessment: The importance of using network structure Gene regulatory networks are graph models representing cellular transcription events. Networks are far from complete due to time and resource consumption for experimental validation and curation of the interactions. Previous assessments have shown the modest performance of the available network infe...

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, física o áreas afines a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas. Nuestra investigación se enfoca en el estudio y reconstrucción a gran escala de redes regulatorias, el estudio de sus principios de organización, función y evolución, cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Los estudiantes tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

Se solicitan candidatos para concursar por una BECA POSDOCTORAL en el marco de la convocatoria del Programa de Becas Posdoctorales en la UNAM 2023 (bases: https://dgapa.unam.mx/index.php/formacion-academica/posdoc) para iniciar en septiembre de 2023 en el Centro de Ciencias Genómicas de la UNAM. El becario deberá tener experiencia bioinformática, y desarrollará un proyecto enfocado en la reconstrucción a gran escala de redes regulatorias, el estudio de sus principios de organización, función y evolución, cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello ciencia de datos (machine learning y data mining) y enfoques de sistemas complejos. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Interesados enviar CV especificando experiencia en las áreas requeridas.

Hoy se publicó nuestra colaboración con

Non-synonymous to synonymous substitutions suggest that orthologs tend to keep their functions, while paralogs are a source of functional novelty Orthologs separate after lineages split from each other and paralogs after gene duplications. Thus, orthologs are expected to remain more functionally coherent across lineages, while paralogs have been proposed as a source of new functions. Because protein functional divergence follows from non-syno...

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas. Nuestra investigación financiada se enfoca en la reconstrucción a gran escala de redes regulatorias, el estudio de sus principios de organización, función y evolución, cómo estos dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). La base de datos Abasy Atlas (https://abasy.ccg.unam.mx) es desarrollada activamente por nuestro grupo. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.0). Además, tendrán la oportunidad de aprender programación básica y avanzada de computadoras asistiendo a clases en el Programa de Licenciatura en Ciencias Genómicas, UNAM. Se brindará apoyo si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

26/jul/22: Luis Gutiérrez defendió su tesis de licenciatura titulada "Caracterización a nivel de sistemas de la evolución de las redes de regulación genética de Escherichia coli, Bacillus subtilis, y Corynebacterium glutamicum", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Licenciado en Ciencias Genómicas con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Luis! 🥳

17/jun/22: Jerónimo Martí defendió su tesis de licenciatura titulada "Estimación de las fuerzas de interacción de la red de regulación de Escherichia coli K12 MG1655", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedor al grado de Ingeniero en Bioprocesos. ¡Muchas Felicidades Jero! 🥳

29/abr/22: Desde la Universidad de Antioquia, Colombia, Andrea Zorro defendió su tesis doctoral titulada "Desarrollo e implementación de una metodología para la inferencia de una red regulatoria de Streptomyces coelicolor empleando datos genómicos y transcriptómicos", desarrollada en nuestro laboratorio, para hacerse acreedora al grado de Doctor en Ciencias en Ingeniería Química con mención honorífica. ¡Muchas Felicidades Andrea! 🥳

Invitamos a estudiantes entusiastas en las áreas de ciencias genómicas, bioquímica, computación, matemáticas, o física a unirse a nuestro laboratorio para desarrollar su tesis de licenciatura o posgrado en biología de sistemas y de redes. Nuestra investigación se enfoca en estudiar la interfaz entre la estructura, función y evolución de redes biológicas complejas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). La base de datos Abasy Atlas es desarrollada activamente por nuestro grupo y es una de las fuentes principales de datos para nuestra investigación. Más información sobre nuestra investigación: freyrelab.org

En breve estarán disponibles posiciones. Estas posiciones están relacionadas a proyectos financiados sobre la inferencia masiva a gran escala de redes regulación para estudiar su organización y evolución. Los estudiantes tendrán acceso a una beca (promedio mínimo 8.0). Se brindará apoyo extra si el candidato está interesado en aplicar al Programa de Doctorado en Ciencias Biomédicas o al Programa de Posgrado en Ciencias Bioquímicas, ambos de la UNAM y los cuales se encuentran dentro del Programa Nacional de Posgrados de Calidad de Conacyt.

Se requiere que los candidatos sean altamente motivados por retos en la frontera de la ciencia, sean dedicados, proactivos y entusiastas. Si está interesado por favor envíe su CV y una breve exposición de motivos.

Se ofrece una posición posdoctoral con perfil bioinformático en el marco de la convocatoria CONACYT (https://conacyt.mx/convocatorias/estancias-posdoctorales-nacionales/convocatoria-20221-de-estancias-posdoctorales-por-mexico/).

Nuestra investigación se enfoca en estudiar la interfaz entre la estructura, función y evolución de redes biológicas complejas, cómo estas dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas, empleando para ello teoría de sistemas complejos (matemáticas y estadística) e inteligencia artificial (machine learning y data mining). Más información sobre nuestra investigación: http://freyrelab.org

Interesados favor de enviar su CV y una breve exposición de motivos a: [email protected]

¡Hoy es un día muy especial para nuestro laboratorio! Se publicó nuestra contribución a entender los principios a nivel de sistemas que rigen a las redes regulatorias Un trabajo hecho en equipo en el lab, el cual resume nuestros enfoques de investigación. Gracias a cada uno de los autores por su dedicación y esfuerzo.

https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2022.888732/full?&utm_source=Email_to_authors_&utm_medium=Email&utm_content=T1_11.5e1_author&utm_campaign=Email_publication&field=&journalName=Frontiers_in_Bioengineering_and_Biotechnology&id=888732

System Principles Governing the Organization, Architecture, Dynamics, and Evolution of Gene Regulatory Networks Synthetic biology aims to apply engineering principles for the rational, systematical design and construction of biological systems displaying functions that do not exist in nature or even building a cell from scratch. Understanding how molecular entities interconnect, work, and evolve in an organis...

###III Congreso Nacional de Bioquímica - Sociedad Mexicana de Bioquímica 16 - 21 de octubre 2022. Mérida, Yucatán

Invitamos a estudiantes entusiastas y motivados de las áreas de Biología, Ciencias Genómicas, Biotecnología, o afines y Computación o afines a participar desarrollando tesis de licenciatura o posgrado en el área de biología de sistemas. Nuestra investigación está enfocada en estudiar la organización, evolución y dinámica de las interacciones moleculares en una célula, cómo estas dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas. Para ello empleamos modelos matemáticos y computacionales (machine learning y data mining).

Se requiere disposición para aprender, o aptitudes en, programación de computadoras, y promedio de 8.0.

Interesados favor de enviar su CV y una breve exposición de motivos al correo indicado en la página web. Más información sobre nuestra investigación en: http://freyrelab.org

Nuestro laboratorio se siente orgulloso y reconoce la labor de cada una de las mujeres que colaboran día a día con nosotros contribuyendo de forma fundamental a nuestro quehacer e inspirando a las generaciones jóvenes. Gracias Nicole Torres, Andrea Zorro-Aranda, Estefani Gaytan, Montserrat Hernandez, Laura Hinojosa, Sof Escobedo Muñoz, Andrea Monzalvo, Brenda López, así como muchas más ex-colaboradoras con quienes hemos tenido el placer de trabajar a lo largo de los años. Las reconocemos por ser una inspiración y piezas claves en nuestro trabajo.

Nuestro trabajo reconstruyendo la red de regulación global de Streptomyces coelicolor mediante curación y predicciones se publicó hoy! Felicidades Andrea Zorro-Aranda (U. Antioquia)!
https://www.nature.com/articles/s41598-022-06658-x

Curation, inference, and assessment of a globally reconstructed gene regulatory network for Streptomyces coelicolor - Scientific Reports Streptomyces coelicolor A3(2) is a model microorganism for the study of Streptomycetes, antibiotic production, and secondary metabolism in general. Even though S. coelicolor has an outstanding variety of regulators among bacteria, little effort to globally study its transcription has been made....

Información importante CONVOCATORIA 2023-1 abierta

Maestría en Ciencias (Bioquímicas)
Doctorado en Ciencias (Bioquímicas)
Doctorado en Ciencias (Biomédicas)

Posgrados con reconocimiento de Competencia Internacional por parte del CONACyT

El registro de aspirantes y envío de la documentación es en línea a partir del 24 de enero al 4 de febrero 2022

Inicio de clases: 8 de agosto del 2022

Para mayor información:

https://www.ibt.unam.mx/sitio/pagina/estudia-con-nosotros-21

Se invita a estudiantes altamente motivados de las áreas de Biología, Computación o afines a participar en proyectos financiados desarrollando tesis de posgrado y licenciatura en el área de biología de sistemas. Nuestra investigación está enfocada en estudiar la organización, evolución y dinámica de las redes regulatorias, cómo estas dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas. Para ello empleamos modelos matemáticos y computacionales.

Se requiere disposición para aprender o aptitudes en programación de computadoras, promedio de 8.5.

Interesados favor de enviar su CV y una breve exposición de motivos al correo indicado en el portal web. Más información sobre nuestra investigación: http://freyrelab.org

Se invita a estudiantes altamente motivados de las áreas de Biología, Computación o afines a participar en proyectos financiados desarrollando tesis de posgrado y licenciatura en el área de biología de sistemas. Nuestra investigación está enfocada en estudiar la organización, evolución y dinámica de las redes regulatorias, cómo estas dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas. Para ello empleamos modelos matemáticos y computacionales, incluyendo inteligencia artificial y minería de datos.

Se requiere disposición para aprender o aptitudes en programación de computadoras, promedio de 8.0.

Interesados favor de enviar su CV y una breve exposición de motivos al correo indicado abajo. Más información sobre nuestra investigación: http://freyrelab.org

El problema de deep-learning y redes neuronales en general, no solo no entendemos como funcionan, además estás cajas negras se resisten a ser depuradas y cometen errores que pueden ser graves en ciertas situaciones.

Why deep-learning methods confidently recognize images that are nonsense For all that neural networks can accomplish, we still don't really understand how they operate. Sure, we can program them to learn, but making sense of a machine's decision-making process remains much like a fancy puzzle with a dizzying, complex pattern where plenty of integral pieces have yet to be...

Se invita a estudiantes altamente motivados de las áreas de Biología, Computación o afines a participar desarrollando tesis de licenciatura o posgrado en el área de biología de sistemas. Nuestra investigación está enfocada en estudiar la organización, evolución y dinámica de las interacciones moleculares en una célula, cómo estas dan origen a propiedades emergentes y respuestas coordinadas y cómo se relacionan con las propiedades genómicas. Para ello empleamos modelos matemáticos y computacionales.

Se requiere disposición para aprender o aptitudes en programación de computadoras, promedio de 8.5.

Interesados favor de enviar su CV y una breve exposición de motivos al correo indicado abajo. Más información sobre nuestra investigación: http://freyrelab.org